学校坚持以学科建设为龙头，注重学科建设的顶层设计与内涵建设，先后制定实施“十二五”“十三五”学科建设规划，明确建设目标方向、重点任务和路径举措。2014年之前，学科建设工作职能由科研处统筹负责。为加强学科建设与管理，2014年增设学科建设办公室（与科研处、社会合作处合署），2017年独立设置学科建设办公室。

健全学科建设机制。2013年修订《学科建设与管理办法》，2014年首次将学科建设作为学院年度工作考评内容之一，2015年制定《学科建设与科学研究委员会章程》，2017年出台ESI学科建设奖励政策，2018年制定《学科攀升战略实施方案》，定期编制ESI学科分析报告，加快推进省重点高校建设。

优化学科建设布局。在充分调研论证的基础上，2014年制定了校本部学科设置目录，开展附属医院学科设置工作。2015年组建学科建设和科学研究委员会。2019年调整了学科建设和科学研究委员会成员，修订了《学科设置方案》《学科管理办法》《学科带头人遴选和考核管理办法》，完成校本部及直属附属医院教学、科研、医疗、管理人员的学科归属工作，基本实现“人人入学科”，确定第一批纳入学校资助的一级学科11个、二级学科28个，一级学科带头人9名、一级学科负责人4名，二级学科带头人17名、二级学科负责人13名，形成学校为主导、学院为主体、学科带头人负责的校院两级机构三级管理的学科建设体制。

统筹学科经费分配。按照重点扶持与统筹兼顾相结合原则完善学科建设经费分配办法，强化学校对学科建设经费的统筹规划。2017年制定《省重点高校建设专项经费分配方案》，2018年制定《优势特色学科标志性成果培育经费支持方案》，以促进重大科教成果、重大科技项目、高水平科技论文等标志性成果产出。

组织各级各类学科遴选、评估与验收。“十二五”期间，中医学和中药学先后入选浙江省重中之重一级学科，中西医结合被列为浙江省重中之重学科，重中之重学科数位居省属高校前列；护理学等7个学科成为浙江省重点学科，中医基础理论等15个学科成为国家中医药管理局中医药重点学科。“十三五”开局第一年，中医学、中药学、中西医结合3个一级学科入选省“一流学科建设工程”A类项目，护理学等6个一级学科入选B类项目；2017年，中医学、中药学2个一级学科进入省重点建设高校优势特色学科行列。2009-2018年，共获批各级各类重点（一流）学科建设项目86个，获学科建设经费38081万元。协助浙江省中医药管理局承办国家中医药管理局“十一五”“十二五”重点学科中期检查、验收工作，其中“十一五”金匮要略等4个学科、“十二五”中医护理学等4个学科验收成绩推荐为优秀。2016年，完成浙江省“十二五”重中之重一级学科中医学、中药学以及7个省重点学科的验收工作，组织参加教育部学位中心第四轮学科评估。

学科实力和影响明显提升。在教育部第三轮（2012年）学科评估中，中医学、中药学、中西医结合3个学科排名分别为9/20、12/28、12/26；在教育部第四轮（2017年）学科评估中，中医学、中药学、中西医结合、护理学、药学、临床医学6个学科评估结果分别为B（排名百分比20%~30%，参评学科总数为37）、B（排名百分比20%~30%，参评学科总数为43）、B-（排名百分比30%~40%，参评学科总数为54）、C+（40%~50%，参评学科总数为59）、C+（40%~50%，参评学科总数为104）、C-（60%~70%，参评学科总数为86）。ESI学科排名取得突破，以中医学为主要支撑的临床医学学科于2017年3月进入全球ESI学科排名前1%，绝对排名稳步前移；以中药学和药学为主要支撑的药理学与毒理学学科于2018年9月进入全球ESI学科排名前1%。学校在“自然指数”（NI）中国高校排行榜中列全国中医药院校第五位。